到2006年托木斯克拥有六所国立大学和两所非国立大学。1878年在托木斯克建立了(1888年招生)西伯利亚地区第一所高等综合性大学——托木斯克国立大学。1886年建立了(1900年招生)西伯利亚地区第一所高等技术研究机构——技术学院(托木斯克理工大学)。其它的一些高校:西伯利亚国立医科大学托木斯克国立师范大学托木斯克国立建筑大学托木斯克国立系统控制和无线电电子技术大学托木斯克军医学院私立大学:托木斯克经济法律学院托木斯克商学院托木斯克东正教神学院除此之外,在托木斯克还设有十多个其它城市教育机构的分校,在此从事高等教育活动。其中有:托木斯克农业学院(新西伯利亚农业大学分校)新西伯利亚水利运输科学院分院新西伯利亚国家勤务科学院分院莫斯科国立公开师范大学分校俄罗斯司法部法令和行政科学院分院俄罗斯国立新技术和企业家大学分校俄罗斯司法院分院莫斯科国立社会大学分校现代人文大学分校东方经济、人文、行政和法律学院分校格梅洛夫斯基国立文化艺术科学院代办处克拉斯诺雅洛斯基商学院代办处莫斯科财政法律科学院代办处2005年高校在校生总人数为86100人,19个中等职业学校的人数为14600人,也就是说,学生人数占城市总人口的1/5,因此托木斯克是全俄学生比例最高的城市之一。同时远程教育正在快速发展中,外国学生的人数也在增加。在这座大学城里工作着882位博士和2727个副博士(硕士)。