南开大学特色班与普通班的主要区别体现在以下三个方面：
培养定位：南开大学特色班旨在培养具有国际视野的创新型工科科学创新人才，注重学科基础宽厚、实践能力突出，培养具备工程创新能力的科学研究拔尖人才；而普通班则更注重于理论知识和基础知识的掌握。
课程设置：特色班在课程方面会引入更多具有深度和广度的选修课程，同时强调小班授课和个性化教学，学生必修“学院选修课”；而普通班则按照一般的教学计划进行授课。
流动机制：特色班的学生如果转专业，需要先退出特色班，然后再转到其他专业；如果转专业不成功，留在普通班，下一学年方可根据进出机制进行调整。外学院学生不能直接转入特色班，需先经转专业进入南开大学普通班，然后再和普通班其他同学一起竞争进入特色班的名额。而普通班则没有这些限制条件。
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