日本生物工程学的学科主要有：生物化学、线性代数、基因工程、细胞生物学、蛋白质工程、微生物工程、微生物学、化工原理、生化工程、分子生物学、遗传学、细胞工程、动物生理学、生态学。
补充材料：
1、生物化学是生物的分支学科。它是研究生命物质的化学组成、结构及生命活动过程中各种化学变化的基础生命科学。
2、线性代数是数学的一个分支，它的研究对象是向量，向量空间（或称线性空间），线性变换和有限维的线性方程组。
3、基因工程主要学习基因组与改造、蛋白质工程、代谢工程及基因工程应用。
4、细胞生物学是在显微、亚显微和分子水平三个层次上，研究细胞的结构、功能和各种生命规律的一门科学。细胞生物学由细胞学发展而来，细胞学是关于细胞结构与功能，特别是染色体的研究。
5、蛋白质工程就是通过对蛋白质化学、蛋白质晶体学和蛋白质动力学的研究，获得有关蛋白质理化特性和分子特性的信息，在此基础上对编码蛋白质的基因进行有目的的设计和改造，通过基因工程技术获得可以表达蛋白质的转基因生物系统，这个生物系统可以是转基因微生物、转基因植物、转基因动物，甚至可以是细胞系统。
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