不只是国土面积小的原因。日本的矿产资源少,主要原因是日本的地质构造运动激烈且断层多,地面将近2/3为新生界及新期火成岩之喷出岩,导致矿床小、矿层薄、矿石杂质含量高。
从矿产资源的品种上看,日本并不是矿产资源贫乏的国家,日本具有世界上绝大多数矿产资源,但矿床太小,品位低,杂质含量高,大多属于“鸡窝矿”,很少有具备开采价值的大矿、好矿,包括煤炭、黑色和有色金属等矿产。在日本的矿藏中,煤、石灰石、硫磺以及铜、铋等的蕴藏量相对较大。煤主要分布在北海道和九州。日本煤炭蕴藏量约为86亿吨,但已探明的可开采储量仅为10亿吨,这当中有2/3靠近海域,水份和瓦斯含量高,开采费用高。
在金属矿中,铜的蕴藏量和开采量都居前列。铜矿区达2000余个,以本州岛为主要产地。