自动离职不等于开除公职，你是事业编制，国家公务员考试可以考。档案也会计算你的工龄的。政审不会有问题。
你这个自动离职不知是确切情况是什么，单位按自动离职来处理算单位辞退，要给一定的经济补偿。事业单位现在还没有办理养老险，只有医疗保险。
单位把你算为无故旷工15天以上就可以开除工职，你就什么都没有了，因为事业单位是参公单位按《公务员法》执行是名正言顺的，所以你还是委托你爱人去和单位领导好好地说说、拿点言语或许有转机；找律师或申请仲裁只有把问题搞得更僵。
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