亳州中药科技学校的专业设置丰富多样，涵盖了中药学、药学、制药工程、医疗器械制造等领域。其中，中药学专业是学校的特色专业之一，主要课程包括中药学、中药鉴定学、中药炮制学、中药制剂学等。
药学专业主要课程包括药理学、药剂学、药物分析、药物合成等。
制药工程专业主要课程包括制药工程、药物制剂设计、药厂工艺设计等。
医疗器械制造专业主要课程包括医疗器械制造工艺、医疗器械检测与维修等。
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