南京医科大学附属医院共有28所。28所附属医院中在南京市有15所附属医院：第一附属医院、第二附属医院、第四附属医院、附属口腔医院、附属逸夫医院、附属脑科医院、附属南京医院、附属儿童医院、附属妇产医院、附属肿瘤医院、附属江宁医院、附属眼科医院、附属明基医院、附属友谊整形外科医院和附属老年医院。
在无锡市有5所附属医院：附属无锡人民医院、附属无锡人民医院、附属无锡第二医院、附属无锡第二医院和附属无锡精神卫生中心。在苏州市有3所附属医院：附属苏州医院、附属江苏盛泽医院和附属苏州科技城医院。在常州市有2所附属医院：附属常州第二人民医院和附属常州妇幼保健院。在淮安市有1所附属医院：附属淮安第一医院。在新疆有2所附属医院：附属克州人民医院和附属伊犁州友谊医院
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