沙漠治理学院成立于2016年6月3日，其渊源可追溯至1960年在原内蒙古林学院成立的中国第一个沙漠治理专业和1983年成立的水土保持专业。1998年沙漠治理与水土保持专业合并为水土保持与荒漠化防治专业。1997年原内蒙古林学院水土保持专业设土地规划与管理专业方向招生，1999年成立土地资源管理专业。2001年成立资源环境与城乡规划管理专业，2013年改为人文地理与城乡规划专业。
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