重庆市市级重点中学与重庆市教委直属重点中学的区别有四点：
1、主管部门不同重庆市市级重点中学和重庆市教委直属重点中学虽然都是由重庆市人民政府批准设立的，但主管部门不同，重庆市市级重点中学主管部门为各区县级教育委员会，重庆市教委直属重点中学主管部门为重庆市教育委员会。
2、学校数量不同重庆市教委直属重点中学有七所，分别为重庆一中、重庆南开中学、重庆八中、重庆巴蜀中学、重庆外国语学校、西南大学附属中学、重庆育才中学。而重庆市市级重点中学包括重庆市教委直属重点中学的七所学校，截至2013年4月，重庆市市级重点中学实际总数为136所。
3、学校地点不同七所重庆市教委直属重点中学均位于重庆市主城区，重庆一中（沙坪坝区）、重庆南开中学（沙坪坝区）、重庆八中（渝北区）、重庆巴蜀中学（渝中区）、重庆外国语学校（九龙坡区）、西南大学附属中学（北碚区）、重庆育才中学（九龙坡区），而其他重庆市市级重点中学分布在重庆市各县市区。
4、教育经费来源不同七所重庆市教委直属重点中学的教育经费来源不仅来源于区级财政，还有重庆市教委直接拨付的教育经费，而其他重庆市市级重点中学教育经费主要来源于区级财政。
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