2018年7月13日，日媒称，日本各大学的研究能力下降越来越明显。《日本经济新闻》以国内外209所大学为对象计算各自的创新能力，日本最顶级大学的东京大学在学术论文的“产出效率”方面被中国的清华大学反超。而日本的大学与欧美知名大学的差距仍未缩小。在前沿研究领域，日本与海外的人际网日渐缩小，创新的土壤也愈发贫瘠。
《日本经济新闻》与荷兰大型学术出版机构爱思唯尔、日本自然科学研究机构的小泉周特聘教授合作，计算了日本国内97所大学以及海外21个国家和地区的112所知名大学的“大学创新能力指数”。
报道称，除了学术论文篇数和研究人员的实力之外，还比较了被引用数量较多的论文比例（研究质量）与每名研究人员的重要论文篇数（论文的产出效率）。
从东京大学的数值可以看出日本代表性研究机构的弱点。2012年至2016年，东京大学的学术论文篇数比10年前的2002年至2006年进一步增加，跻身于继美国哈佛大学和美国斯坦福大学等之后的前十名。但2012年至2016年东京大学的论文产出率下降至第94位。
报道指出，最近十年的主要变化是中国清华大学的崛起。2002年至2006年，东京大学在所有指标上都占优势，但到2012年至2016年，清华大学在产出率上反超。竞争格局发生了戏剧性的改变。
日本的大学怎么了？“没能充分跟上网络时代，”诺贝尔物理学奖获得者、名古屋大学教授天野浩如此表示。在美国，谷歌和社交媒体“脸书”等崛起，大学也一直在应对产业结构的变化。清华大学在人工智能（AI）的论文引用数方面跻身世界前列，将重心放在前沿研究上。
报道称，日本的大学正在从国际性的知识网络中掉队。在日本于30年前启动了生物研究的国际项目。在接受支援的研究者中，有27名诺贝尔奖获奖者。
“获得资助的日本人几乎已不存在”，作为项目负责人的东京大学特聘教授广川信隆表示。资助条件是与他国研究人员的共同研究。日本人与海外研究人员合作的情况减少，广川敲响了警钟：“无法获得那些论文中没有的最新知识”。
报道还称，日本政府一直在采取向研究人员引进竞争机制等举措，但招致了糟糕的事态。学术界不再重视研究主题的选择，年轻研究人员的待遇变得不稳定，导致年轻人更倾向于短时间内出成果的小规模主题来增加论文篇数。
报道认为，如果研究能力继续全面下降，日本的大学将被企业抛弃。
丰田为了开发自动驾驶关键的AI技术，到2020年将投入5000万美元，与大学推进共同研究。丰田的合作伙伴是美国斯坦福大学和麻省理工学院。丰田表示，“在寻找世界最高水平的研究伙伴时，我们发现的是美国的大学。”日本文部科学省官员感叹：“日本的大学已经不被理睬了。”
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