1、附属医院不同
不同的临床医学院有不同的附属医院。如南方医科大学的第一临床医学院为南方医院，而第二临床医学院的附属医院是珠江医院；苏州大学医学部第一临床医学院附属医院为苏州大学附属第一医院，苏州大学医学部第二临床医学院的附属医院为苏州大学附属第二医院。
2、招生数目不同
一般而言第一临床医学院的招生数目比较多。第二临床医学院稍少，第三临床医学院一般较少。
3、招生质量不同
第二临床医学院次之，第三临床医学院一般招生要求就较低了。招生要求高的不仅高考，考研分数线高，对于各写考试科目也要求达到等级。
4、师资力量不同
而第二、第三临床医学院多以部分强势学科为主体，定向培养医学生。
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