《企业所得税税前扣除办法》（国税发[2000]84号）第三条纳税人申报的扣除要真实、合法。真实是指能提供证明有关支出确属已经实际发生的适当凭据；合法是指符合国家税收法规，其他法规与税收法规不一致的，以税收法规为准。
根据上述规定，公司支付的补偿金，符合生产经营活动常规，属于在生产经营活动中发生的与生产经营活动有关的、合理的支出，能够提供证明有关支出确属已经实际发生的适当凭据，如支付的经济补偿金的相关凭据同时附有相关租房合同或协议，可在税前扣除。不得冲减租金收入。
需要注意的是房地产公司向房主支付的扶持资金，用于抵消一部分租金，在计缴租金增值税时不得冲减收入。
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