首先是适用范围不同：《企业会计制度》适用于除金融保险企业以外的所有符合条件的大、中型企业。而《小企业会计准则》适用于小企业，具体指在中华人民共和国境内依法设立的，经营规模符合国务院发布的《中小企业划型标准》所规定的小企业。
其次侧重点不同：《企业会计制度》侧重于对会计要素的记录和报告作可操作性规范，确认和计量的内容只是有机地体现在会计科目及使用说明中。侧重于实操。《小企业会计准则》是在遵循《企业会计准则——基本准则》的大前提下，对小企业的会计确认、计量和报告进行了简化处理。
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