不用分开算。
进项抵扣不是按不同税率分开核算的，你只要所有的销项加起来（不用管是6%还是17%，只要是专用发票注明的税额就可以），减去所有的进项税就是你当月的应交增值税（同销项一样，不用管不同税率，把所有税额求和就行了），当然，当月也有可能是负数，就是表示你的进项大於销项，多出来的下个月再抵扣就好了。
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