南京农业大学经济管理学院设有农林经济管理、国际经济与贸易、电子商务、市场营销、工商管理5个本科专业和1个金善宝实验班。
学院现有农业经济管理国家重点学科,农林经济管理一级博士学位授权点,工商管理、应用经济学一级硕士学位授权点,企业管理学、会计学、金融学、产业经济学、国际贸易、技术经济及管理、农业经济管理7个硕士学科点,以及工商管理、国际商务、金融、会计、物流工程、农业推广6个专业学位硕士培养点。南京农业大学经济管理学院的前身是金陵大学农经系和南京大学农经系,1952年合并组成南京农学院农经系,1989年3月由农业部批准成立南京农业大学农业经济与贸易学院,1994年4月改名为南京农业大学经济与贸易学院,2004年9月再次更名为经济管理学院。从金陵大学1920年开设农业经济本科专业计算,本院至今已有80多年历史。