事业单位在编职工辞职按照《全民所有制事业单位专业技术人员和管理人员辞职暂行规定》(人调发〔1990〕19号)等相关规定办理。事业单位辞职流程如下：
首先是在编职工向所在单位或主管部门提出辞职书面申请;所在单位或主管部门收到辞职书面申请后，一般应在三个月内，给予书面批复，对批复同意的发给辞职者本人辞职证明书。
事业单位在编职工与所在单位订有聘用合同的人员，其辞职按照聘用合同的有关规定办理。辞职经批复同意后，辞职其本人协助用人单位办理档案托管、社保等相应的人事手续。
辞职规定
《中华人民共和国劳动合同法》
第三十六条 用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同。
第三十七条 劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。
第三十八条 用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同:
(一)未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的
(二)未及时足额支付劳动报酬的
(三)未依法为劳动者缴纳社会保险费的
(四)用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的。
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