1.定义不同 事业单位是指由政府利用国有资产设立的，从事教育、科技、文化、卫生等活动的社会服务组织;国企是指国务院和地方人民政府分别代表国家履行出资人职责的国有独资企业、国有独资公司以及国有资本控股公司。
2.控制权不同 事业单位接受政府领导，是表现形式为组织或机构的法人实体;国有企业由国家对其资本拥有所有权或者控制权，政府的意志和利益决定了国有企业的行为。国有企业是国民经济发展的中坚力量，是中国特色*的支柱。
3.性质不同 1、事业单位是以政府职能、公益服务为主要宗旨的一些公益性单位、非公益性职能部门等。它参与社会事务管理，履行管理和服务职能，宗旨是为社会服务，主要从事教育、科技、文化、卫生等活动。其上级部门多为政府行政主管部门或者政府职能部门，其行为依据有关法律，所做出的决定多具有强制力，其人员工资来源多为财政拨款。事业单位的登记在编制部门进行。事业单位与职工签订聘用合同，发生劳动争议后，事业单位进行人事仲裁。
2、国企是全民所有制企业的性质。所谓全民所有制企业，实质就是企业生产资料归全体人民共同所有的企业。而所谓全民所有制企业的性质，就是生产资料归全体人民共同所有的企业所具有的性质。因而,所谓国企的性质，实质就是生产资料属于全体人民共同所有的企业所具有的性质。
4.特征不同
事业单位：
1、提供公共服务;
2、属于非公共权力机构;
3、属于知识密集型组织;
4、经费来源的国产化;
5、事业单位范围的广泛性。国企： 1、从事生产经营活动; 2、由多数人组成的组织体; 3、依法设立，法律确认其一定权利义务。
5.待遇不同 事业单位工资比较国企低，但事业单位的工作相对轻松、压力小、稳定，国企的付出的多，国企的工作压力也比较大。
6.编制不同 行政机关使用的是行政编，即公务员编制，部分工勤人员设行政工勤编制。事业单位统一使用事业编制，但分管理、专技和工勤三种岗位。国企没有编制之说，但实际上套用行政模式管理，如公务员一样也比照设置职级报备上级主管部门或国资。
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