1、管理的依据不同。目前,事业单位机构编制审批管理主要依据有关机构编制管理的法规、文件和政策;事业单位登记管理主要依据《民法通则》、《事业单位登记管理暂行条例》和其他有关的法律法规、文件和政策。
2、管理的性质不同。事业单位机构编制审批管理是一种行政审批行为。事业单位登记管理则是一种行政执法行为。
3、管理的内容不同。事业单位机构编制审批管理主要是决定某个事业单位是否可以成立,并确定其内设机构、人员编制等事项。事业单位登记管理主要是确认事业单位法人资格、业务范围、法定代表人、开办资金、单位住所等;同时,还包括依法监督管理事业单位法人执行《条例》,依法保护事业单。