会计集中核算制度实施难点在于：
1、部门预算工作规范以及集中核算体系未完善。
2、会计核算难以适应部门的财产物资管理工作。
3、难以确保核算内容的真实性及合理性。
4、不利于资金筹集主动性和使用及时性的体现。
会计集中核算制度是通过成立会计集中核算机构，在核算单位资金所有权、使用权及财务自主权不变的前提下取消行政事业单位的银行账户，由会计核算中心统一开设单一账户和办理资金结算等业务的一种特殊的会计核算形式。
会计集中核算制度的实施通过改变会计人员的管理体制和业务处理程序，在一定程度上强化了会计核算和会计监督的职能作用，提高了会计工作的质量和会计信息的质量，保证了会计人员的独立性，并通过节约成本提高了财政资金的使用效益。
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