二者的编制层级不同，乡镇事业单位不能使用县区事业编制，县区事业单位也不能使用乡镇事业编制，之间存在层级差异，不能调剂使用；在待遇方面乡镇事业单位相比县级事业单位多了乡镇津贴；工作强度上乡镇事业单位相对大，县级事业单位相对稳定。
具体不同：
1、定义不同：、乡镇公务员就是在乡镇级政府部门工作的，行使国家行政权利、执行国家公务的政务类公务员和业务类公务员；事业编制是指为国家创造或改善生产条件、增进社会福利，满足人民文化、教育、卫生等需要，其经费一般由国家事业费开支的单位所使用的人员编制；
2、岗位不相同：乡镇公务员：中国由县管辖的基层行政单位执行政务工作；事业单位三类岗位的结构比例由政府人事行政部门和事业单位主管部门确定；
3、岗位聘用的方法不相同：乡镇公务员岗位需要参加地方的公务员考试，地方的公务员考试是指：地方各级党政机关，社团等为招录机关工作人员和国家公务员而组织进行的各级地方性考试。事业单位按照《试行办法》和本实施意见、行业指导意见以及核准的岗位设置方案，根据按需设岗、竞聘上岗、按岗聘用的原则，确定具体岗位，明确岗位等级，聘用工作人员，签订聘用合同。
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