卫生防疫部门属于卫生行政部门。
卫生行政部门，主要负责医疗卫生方面的政策、环境工作，具体的执法、业务工作由下属事业单位等实施，下属事业单位包括负责行政执法的卫生监督局（所），负责传染病、慢性病预防控制的疾病预防控制中心（以前叫卫生防疫站），负责妇幼卫生的妇幼保健院，还有各级医院、乡镇卫生院等。
卫生行政机关发现查处的案件不属于自己管辖，应及时书面移送给有管辖权的卫生行政机关。受移送卫生行政机关应当将案件查处结果函告移送的卫生行政机关。受移送地的卫生行政机关如果认为移送不当；应当报请共同的上级卫生行政机关指定管辖，不得再自行移送。
国境卫生检疫机关依据国境卫生检疫法律、法规实施的行政处罚，由违法行为发生地的国境卫生检疫机关管辖。国家卫生计生委卫生检疫局负责查处重大、复杂的案件。国家卫生计生委卫生检疫局下设的国境卫生检疫机关间对管辖发生争议时，报请国家卫生计生委卫生检疫局指定管辖。
法律、法规规定的受国家卫生计生委委托的有关部门的卫生主管机构，或由国家卫生计生委会同其规定监督职责的国务院有关部门的卫生主管机构，负责规定管辖范围内的案件。
卫生行政机关与第十二条所指的有关部门的卫生主管机构对管辖发生争议的，报请省级卫生行政机关指定管辖。
《中华人民共和国传染病防治法》第六条国务院卫生行政部门主管全国传染病防治及其监督管理工作。县级以上地方人民政府卫生行政部门负责本行政区域内的传染病防治及其监督管理工作。
县级以上人民政府其他部门在各自的职责范围内负责传染病防治工作。
军队的传染病防治工作，依照本法和国家有关规定办理，由中国人民解放军卫生主管部门实施监督管理。
第十五条国家实行有计划的预防接种制度。国务院卫生行政部门和省、自治区、直辖市人民政府卫生行政部门，根据传染病预防、控制的需要，制定传染病预防接种规划并组织实施。用于预防接种的疫苗必须符合国家质量标准。
国家对儿童实行预防接种证制度。国家免疫规划项目的预防接种实行免费。医疗机构、疾病预防控制机构与儿童的监护人应当相互配合，保证儿童及时接受预防接种。具体办法由国务院制定。
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