根据《财政部、税务总局、人民银行关于进一步加强代扣代收代征税款手续费管理的通知》规定，“三代”单位所取得的手续费收入应单独核算，计入本单位收入。因此一般情况下企业所收到的个税退还的手续费应当计征增值税。
一般纳税人关于个税退还手续费增值税的计算公式为：
当期增值税应纳税额=销项税额（包含了以商务辅助服务-经济代理服务项目计征的增值税）-进项税额。
小规模纳税人关于个税退还手续费增值税的计算公式为：
小规模纳税人增值税税额=不含税的退还手续费金额×适用税率。
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