往来款项审计的性质认定包括以下内容：
1、把好入口关。首先必须明确往来账户会计科目的性质及用途，排除不属于往来性质的资金。
2、把好出口关。市场经济条件下各单位的资金来源处于多元化状态，因此对往来账户的每一笔资金都必须严格审查。为了降低审计风险，要确认其专项资金的去向必须把握指认法，要求被审计单位进行指认其资金去向；排除法，就是看所用资金有无源头，以确认其提供情况的真实程度。
3、严把审计程序关。由于往来账户的资金多，而且灵活性较大，同样是挤占挪用的专项资金，但挪用的去向不同，哪一个环节不到位，都可能给审计工作带来意想不到的风险，因此要正确认定，认真对待。
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