工程结算审计的质量控制有：
1、审计方案要切实可行。审计方案包括审计的范围、内容、方法、步骤及最终要达到的目标，编制审计方案应当充分考虑重要性和谨慎性。审计方案是否切实可行，决定了审计项目能否高质量地完成，最终决定了审计目标能否实现。
2、审计行为要合法规范。审计行为的合法性和规范性，直接影响着审计结果的有效性和审计质量高低。工程结算审计人员实施审计时，必须按照准则的要求，深入调查、规范取证、严谨判断，并认真编制工作底稿。
3、审计报告要客观、完整、清晰、及时。工程结算审计报告作为审计结果的主要表现形式，是否客观、完整、清晰、及时，将直接影响审计结果的利用效果和审计监督作用的发挥。
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