建设项目竣工决算审计的方法包括：审查建设单位在竣工验收之前是否系统整理有关工程建设的技术资料；审查其资金来源的保证程度及其来源是否正当、合理；审查基建投资支出的节超情况；对建设单位“设备材料结算明细表”、“应收应付款明细表”进行分析；检查是否按计划时间开工或竣工；审查单位工程是否符合国家颁发的工程质量检验评定标准和验收规范。
建设项目竣工决算审计是指建设项目正式竣工验收前，由审计人员依法对建设项目竣工决算的正确性、真实性、合法性和实现的经济效益、社会效益及环境效益进行的检查、评价和鉴证。
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