补充审计存在的问题主要包括：
1、补充审计报告中信息披露质量的保证问题。
2、补充审计工作中审计法律依据有效性的问题。
3、对国际会计师事务所违规的行为进行处罚以及对事务所严格和有效监管的问题。
补充审计是被审计单位在首次公开发行股票并上市，或上市后在证券市场再筹资时聘请具有执行证券期货相关业务资格的国内会计师事务所，按中国独立审计准则对其依据中国会计准则、会计制度和信息披露规范编制的法定财务报告所进行的审计工作。
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