网络审计面临的问题有：
1、法律法规有待完善，难以完全解决网络活动中出现的所有新问题、新纠纷；
2、网络审计的安全性有待加强，否则将极大地阻碍网络审计的发展；
3、高素质的审计人员严重缺乏，许多审计人员对网络知识、网络审计软件的开发、设计、维护等没有充分的了解；
4、审计线索的电磁化，使得审计线索减少，如果系统设计时考虑不周，可能到审计时才发现难以追索业务处理的来源；
5、审计软件不完善，并且在涉及到审计软件与财会软件的接口问题上，网络操作系统与应用系统的兼容问题上，还没有取得实质性的突破。
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