内部控制的有效性的内涵指对内部控制目标的实现程度，其中实现程度主要包括对于目标实现的契合性以及内部控制实现的效率，对于目标实现的契合性指内部控制制度建立应当与内部控制目标相一致。内部控制的有效性在制度设计层面要求相关人员与制度之间保持良好的默契，以最大限度发挥内部控制的职能，从而实现内部控制的目标，在制度运行层面要求相关人员通过权力与管理活动的开展与执行，使内部控制得以良好地运行，从而实现内部控制的目标。
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