稽察特派员制度具体存在以下问题：
1、难以消除国有企业的“内部人控制”现象。企业筹资权、投资权、人事权等都掌握在公司的经营者（即内部人）手中，会计人员与经营者合谋欺骗特派员的可能性依然存在；
2、仍依赖于政府的行政权利，而非当事人之间的利益约束机制。特派员、经营者和所有者之间没有相互制约的利益制衡机制，这可能导致特派员稽察乏力、形同虚设，甚至发生特派员被经营者收买，以欺骗所有者的现象；
3、只是一种事后监督，难以实现事前预防和事中控制，也难以贯穿于企业经营活动的全过程。采用稽察特派员制度往往要等到企业巨额亏损形成后才发现问题、更换经营者，无法改变已造成的经济损失。
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