南京的985大学有2所,为南京大学和东南大学。南京大学简称南大,是全国重点大学,中央直管高校,位列双一流A类、211工程、985工程重点建设高校。东南大学简称东大,主校区位于江苏南京,是中华人民共和国教育部直属的全国重点大学,位列国家双一流A类、985工程、211工程。
南京大学其学脉可追溯自公元258年的南京太学,近代校史肇始于1902年创建的三江师范学堂,此后历经两江师范学堂、南京高等师范学校、国立东南大学、国立中央大学等历史时期,于1950年更名为南京大学。南京大学最早在中国开展现代学术研究,建立中国最早的现代科学研究实验室,成为中国第一所以大学自治、学术自由、文理为基本兼有农工商等专门应用科、集教学和研究于一体的现代大学,被国际上誉为东方教育的中心。
东南大学创建于1902年的三江师范学堂,后历经两江师范学堂、南京高等师范学校、国立东南大学、国立中央大学等重要发展时期。1988年5月,学校复更名为东南大学。2000年4月,原东南大学、南京铁道医学院、南京交通高等专科学校合并,南京地质学校并入,组建新的东南大学。