学校办学始于1949年8月创办的庆阳地区农业科学研究所和1978年12月创建的庆阳师范专科学校。
2003年4月，教育部批准设置多科性本科院校——陇东学院。是一所由甘肃省政府和庆阳市共同建设的全日制普通本科院校。其是兰州大学、华东师范大学等院校的合作院校，与美国北亚利桑那大学、洪堡州立大学、曼斯菲尔德大学及台湾中国文化大学等13所院校建立了校际合作交流关系。
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