南京工业大学更好。
南京工业大学是国家国防科技工业局、住房和城乡建设部与江苏省人民政府共建，入选国家“2011计划”“111计划”、教育部“卓越工程师教育培养计划”、国家建设高水平大学公派研究生项目、国家特色重点学科项目，是全国首批深化创新创业教育改革示范高校，全国高校实践育人创新创业基地，江苏省重点建设高校，江苏省人才强校试点高校。重庆交通大学是重庆市人民政府和交通运输部共建院校，但教学科研实力、科研创新成果、院士人数以及行业影响力等均不如南工大。
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