南通大学四个字分别出自张謇之手。
2004年5月18日，经教育部批准，南通医学院、南通工学院、南通师范学院三所公办本科院校合并组建南通大学。
2009年被批准为博士学位授予立项建设单位。原南通医学院、南通工学院的前身分别是私立南通医学专门学校和南通纺织专门学校，由近代著名实业家、教育家张謇先生于1912年创办。
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