一般来说，补发的工资应该在实际发放时计入当月工资薪金征收个人所得税。
进行个人所得税申报时应区分工资所属期、工资发放期、税款所属期和税款申报期。个人所得税申报时所涉及到的是工资发放期、税款所属期和税款申报期，与工资所属期无关。工资发放期是指工资实际发放的日期，按照个人所得税法的规定，工资实际发放的日期所属的月份即为税款所属期，税款所属期下月的征期为该所属期税款对应的申报期。纳税人应当按照工资发放期进行税款的计算，在税法规定的税款申报期内进行税款的申报。
因此我们可以理解为，现在补发的工资，应该并入当月工资薪金一起计算个税。但在实务中，关于此问题争议较大，建议操作前参照各地具体文件规定或提前与主管税务机关沟通操作口径。
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