个人所得税代扣代缴手续费返还，可以通过登录自然人电子税务局扣缴端申请，具体步骤如下：
1、首先登录自然人电子税务局扣缴端；
2、进入扣缴端界面，点击左侧菜单栏下方“退付手续费核对”——点击“获取结报单”——等待系统自动获取结报单和单户核对清册；
3、核实结报单和单户核对清册当中的内容——无误后，点击“我已核对无误”——进行提交；
4、系统弹出“代扣代缴手续费退费申请”——选择“开户银行”、“银行账号”、“开户银行网点”——阅读声明——提交——弹出“确认信息”弹框——点击确定。
完成以上步骤后，经税务机关审核完成后，即可返还相应的手续费。
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