一方认证一方作废的增值税专用发票处理：
按规定，必须是在开票当月月底之前、而且是必须所有联次收回，才允许作废发票的。否则属于违规作废，税务机关可按发票管理办法的规定进行处罚。 详细处理办法如下：
购买方已将发票认证，信息已上传，无法删除，销售方点击了发票作废，总局将肯定会通过《增值税抵扣凭证审核检查管理系统》下发核查信息给购货方的主管税务机关核实原因的。
然后购买方当月做进项税额转出申报处理，销售方按照作废后的销售申报缴纳增值税。
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