1、主体地位不同
虽然二者都是业主的委托人，但是二者之间的主体地位是不同的。代建制中代建方是被委托方还是承包方，这点难以明确。代建人接受业主即投资方的委托，承担建设项目全过程的管理工作，在此过程中产生的民事责任是由代建方承担的，这与民法中规定的代理的含义相违背，因此有人认为“代”解释为“代理”是不合理的，代建人是以承包人的身份出现在代建活动中。
2、职能作用不同
前者是在业主委托下对工程进行全过程的项目管理，类似于CM模式中的代理，在代建制建设过程中代建制所行使的权利其实就是业主方的权利；而后者虽然也是进行项目管理，但更多的偏向于项目建设阶段的监督管理，以保证项目的顺利进行。
3、适用范围不同
发改委推行的代建制的目的是为了建设方与管理方分离，防止政府部门滋生腐败；仅使用于政府为投资主导的建设项目。而监理制度则被强制于所有工程项目。
4、门槛差别
现阶段的代建企业由下面三种单位转化而来：
一、由原来政府部门负责基本建设的人员组建而成，并在各自系统开展代建业务；二、由投资咨询、造价咨询、建设监理、招标代理等咨询单位拓展业务来从事代建业务；
三、由具有总承包资质的勘察设计和施工单位转变而来。并没有明确的资质要求。
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