深圳北理莫斯科大学学校代码是16409，根据教育部公布的普通高等学校信息可知，深圳北理莫斯科大学的原始标识码为4144016409，通常默认取后5位16409为学校代码。
学校代码在高考和考研时经常会用到，用于区分不同学校和不同招生类型，所以不同学校甚至同一学校不同校区代码也不相同。
高考以省份为单位进行报名和录取，学校代码由各省市教育考试院负责编排，深圳北理莫斯科大学在全国的招生代码并不一定都是16409，实际要以考生所在省市教育考试院公布信息为准。
研究生考试是在"研招网"统一报名，并由深圳北理莫斯科大学研究生院负责录取，学校代码没有重新编排，默认用的就是16409，如有异同，请以深圳北理莫斯科大学研究生院公布信息为准。
2014年8月11日，深圳市市长、莫斯科大学副校长、北京理工大学党委书记共同签署深圳市政府与莫斯科大学、北京理工大学合作举办大学协议，标志着深圳北理莫斯科大学筹建工作进入了新阶段；
2014年5月20日，中俄两国教育部门在两国元首见证下签订谅解备忘录，支持莫斯科大学与北京理工大学在深圳合作举办大学。
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